根據殺菌原理，空氣消毒可以分為物理消毒和化學消毒兩類方法。物理方法包括紫外線燈照射、靜電吸附和空氣過濾等方法。化學消毒主要包括用消毒劑熏蒸，如過氧乙酸熏蒸或噴霧，或用過氧乙酸進行超低容量噴霧消毒，還包括用一些消毒器械產生的化學因子進行消毒，如用臭氧進行空氣消毒。
    (一)空氣過濾
    空氣過濾是利用物理阻留的方法去除空氣介質中的塵埃和微生物。過濾機制主要是空氣中的微生物(塵埃，水霧滴)等隨氣流運動直接碰撞于過濾纖維(濾材)上，或由于重力作用沉除而粘附于纖維(濾材)上，或由于靜電作用(纖維帶有靜電)空氣中的微粒被吸附于濾材上。
    空氣過濾使用的過濾介質原則上要求其孔隙小于微生物中的細菌或孢子，發揮對空氣中顆粒的攔截作用。空氣通過時，微生物被阻留在介質一側。有的過濾介質的孔經間隙大于微生物，為了達到所需的除菌效果，介質必須有一定的厚度,發揮對空氣中顆粒的攔截作用。
    食品制造中，特別是包裝工序，應該進行無菌(凈化)包裝時，要求有凈化的環境(凈化室)，共中的凈化裝置對空氣的凈化效果是十分明顯的。這種凈化室是把經過過濾后的空氣再凈化進入特定的環境，經熱殺菌后的食品進入該環境冷卻后包裝。這里的食品包裝凈化環境相當于實驗室內的超凈工作臺，可做到無菌包裝。
    (二)紫外線消毒
    紫外線消毒是指紫外線作用于微生物細胞DNA，破壞DNA分子鍵，使其失去復制能力或失去活性，進而導致微生物的死亡。
    紫外線(UV)消毒是一種高效、安全、環保、經濟的技術，有廣譜殺菌作用，可殺死包括細菌、結核桿菌、芽胞和真菌在內的多種微生物，而且幾乎不產生任何消毒副產物。原則上有一切食品生產加工經營場所都可以安裝紫外線殺菌燈進行空氣消毒。
    微生物被紫外線殺滅所需要的劑量取決于紫外光強度和照射時間。另外紫外線的殺菌效果受到溫度(適宜20-40攝氏度)，濕度(60%)以下、懸浮物、有機物等的影響。但過量的日光紫外線照射，可對人體的皮膚、眼睛以及免疫系統等造成傷害。
    紫外線輻照受空間面積、懸掛高度，自身功率有關，一支30w殺菌燈的有效滅菌空間范圍應小于30立方米，一般認為，每一立方米空間的殺菌燈功應大于1-1.5w。燈管的懸掛高度應小于2.5米，一些使用單位燈管懸掛高度大于2.5米，甚至大于3，4米的都有。紫外線的輻照強度與輻照距離幾乎成反比，懸掛太高，勢必影響滅菌的效果。
    紫外線對空氣的消毒多用固定式照射法。紫外線殺菌屬于靜態消毒方式，開啟紫外線燈時，全部人員應該離開消毒現場，以免造成人體傷害；建議將紫外線消毒機的控制開關安裝在室外，人員全部出去后開啟，反之關閉。對有人在的場所，不宜有暴露式照射，可改用通過式照射，即設有紫外線殺菌風筒，紫外線風筒是用2～4支紫外線燈管裝于直徑30cm的鋁制圓筒內，在一端裝風扇。這種裝置依靠風扇使空氣通過紫外線風筒將空氣消毒。對室內局部空氣消毒時，如各種食品的分割、灌裝、包裝、裝罐、等操作室內空氣，對餐館、飯店的冷(涼)拼間等可該工序部位可玻璃、塑料等建筑材料包圍起來，其間安裝殺菌紫外線燈。
    (三)熏蒸消毒
    熏蒸消毒是利用消毒藥物氣體或煙霧，在密閉空間內進行熏蒸達到消毒目的。該方法既可用于處理室內空氣(污染的空氣)，亦可用于處理污染的表面。食品生產經營場所應定期實施熏蒸消毒，以保證生產場所及空氣的清潔。
    (1)甲醛熏蒸(40%甲醛水溶液稱福爾馬林)。
    甲醛是有刺激性的無色氣體，易溶于水和乙醇，甲醛作為消毒劑已經有了近百年的發展歷史。
    原始的甲醛消毒方法主要是將甲醛溶于水中，將帶有甲醛水溶液的器皿在火源上進行加熱蒸發。甲醛氣體具有廣譜、高效殺菌作用且使用方法簡單、方便，對消毒物品無損害，對人安全，使用甲醛氣體熏蒸消毒，在一般密閉情況下對經營場所內空氣，亦可對場所內墻壁、機械設備等表面消毒。對污染嚴重的霉斑有良好效果。
    但是甲醛是有毒氣體，具有毒性和致癌性，食品生產車間應避免這種辦法的采用。近期，食藥總局在開展的60次嬰幼兒配方乳粉生產企業食品安全生產規范體系檢查中發現，個別企業采用甲醛加高錳酸鉀熏蒸方法對車間環境進行殺菌消毒，存在食品安全隱患。
    (2)過氧乙酸薰蒸。
    過氧乙酸同甲醛類似，也是一種高效廣譜的殺菌劑，為無色透明液體，有刺激性酸味，具有易揮發和強腐蝕性的特點，對于人體黏膜有刺激性。
    過氧乙酸熏蒸消毒適用于密封較好的房間內污染表面的處理，對于金屬具有較強的腐蝕性。常用的過氧乙酸為20%溶液。過氧乙酸蒸氣的產生方法是使用陶瓷或搪瓷或玻璃容器加熱。使用的劑量和熏蒸的時間都要有嚴格的規定，車間消毒之后要通風排氣。
    (四)臭氧消毒
    臭氧有較好的擴散性，臭氧消毒具有消毒效果持續時間長和消毒無殘留和無死角的優點。臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽胞、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素。臭氧的殺菌原理主要是靠強大的氧化作用，使酶失去活性導致微生物死亡。 
    臭氧殺菌受溫度、濕度和濃度作用的影響較大，具體的消毒時間可以根據車間大小以及潔凈度要求來進行確定。臭氧消毒雖然有其自身的優點，但它對物體表面的微生物難以有效的清除，臭氧為強氧化劑，對多種物品有損壞，濃度越高對物品損壞越重，還有對人體具有刺激作用，臭氧消毒必須在無人的環境下進行，消毒后至少過30分鐘才能進入。
    臭氧對表面上污染的微生物有殺滅作用，但作用緩慢，一般要求60mg/m3，相對濕度≥70%，作用60-120分鐘才能達到消毒效果。臭氧作水的消毒時，0℃最好，溫度越高，越有利于臭氧的分解，故殺菌效果越差；加濕有利于臭氧的殺菌作用、要求濕度>60%，濕度越大殺菌效果越好。
    （五）食品動態消毒機
    食品動態消毒機是近幾年才被食品企業認可的一種殺菌方式，采用雙極等離子體靜電場對細菌進行分解與擊破，將塵埃極化并吸附，再組合藥物浸漬型活性炭、靜電網、光觸媒催化裝置等組件進行二次殺菌、過濾，經處理的潔凈空氣大量快速循環流動，使食品車間的環境保持在相對的“無菌無塵”狀態。在對車間消毒時，人可同時在車間內工作，所以，該種消毒機稱作“食品動態消毒機”。
    該設備在工人工作的同時，可以同步對空間空氣殺菌，對人體沒有任何傷害。使得經高溫后基本無菌的食品半成品，流轉至冷卻、挑選、包裝及灌裝等環節時，有效降低或避免這些空氣中含有的微生物附著在食品表面，再次污染食品，有效提高車間空氣和食品衛生質量。
    且食品動態消毒機屬于動態消毒，只能用于空氣消毒，對物體的表面微生物沒有滅殺作用，也不可用于水消毒。適用于冷卻車間、內包裝車間及灌裝車間，可有效殺滅細菌、凈化空氣，避免空氣中細菌二次污染食品。
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